Je pense que le probléme est bien plus simple, repartons des faits.
Une "sanction" collective: C'est envisageable, pour cela les liens donnés donnent les adéquations entre fautes et sanctions. Cela s'applique à titre individuel, donc collectivement si il s'agit d'une "action commune" (exemple abandon de postes simultannés de plusieurs agents consécutivement à un probléme lambda en lien avec le travail).
Dans le cas évoqué (si avéré), c'est plutôt en lien avec un manque de motivation, que l'on peut traduire par des objectifs non atteints ... (mais qui doit atteindre les dits objectifs ...


Enfin la suppression de "congé récup" à mon sens est totalement illégale. En effet, les congés statutaire sont un acquis. Les congés RTT se creditant mensuellement du fait d'un temps de travail habdomadaire supérieur à 35h hebdo le sont aussi (de plus une convention avec les partenaires sociaux, les syndicats et les responsables du personnel ont du être signé pour l'application et l'aménagement).
La personne ayant pris cette initiative de sanction, et les "instances" ayant validés cela se retrouve de fait dans une sacré panade. Il suffirait qu'un syndicat se saisisse de l'affaire pour mettre un beau foutoir en interne... qui à mon avis se terminerai de la sorte:
* on arrête tous et on n'ebruite rien (retour au point de départ, et le hierarchique se prends une avoinée des politiques, surtout en ce moment)
* on va au clash, et des têtes risquent de tomber (je vous laisse le soin d'envisager la(les)quelle(s).
Pour le fond des problémes, l'application du droit du travail est un vieux probléme pour nous les fonctionnaires (cf le lien suivant)